De bekostiging vindt altijd op bestuursniveau plaats. In de CAO zijn specificaties opgenomen voor de functiemix op schoolniveau, daar is een school wel aan gehouden. Mocht een school willen afwijken van deze CAO-specificaties, dan zal zij aan de decentrale CAO-tafel hier nadere afspraken over moeten maken.  Dit kan alleen in uitzonderlijke situaties als er sprake is van kennelijk onbedoelde of onbillijke gevolgen. Het is wel zo dat de tussendoelstelling van 2011 in ieder geval gehaald moet worden. OCW zal in 2011 bij de tussenmeting op bestuursniveau kijken of de tussendoelstelling is gehaald.

Enkele scholen geven aan meer ruimte en meer maatwerk van de sociale partners en OCW bij de implementatie van de functiemix te verlangen. Zij menen dat het zonder meer toepassen van de landelijke afspraken in hun specifieke situatie tot onbedoelde of onredelijke effecten zou leiden. Waar dit inderdaad het geval blijkt te zijn wordt door de sociale partners en OCW steeds naar een passende oplossing gezocht. 

In het primair onderwijs zijn er bijvoorbeeld signalen dat de werkelijke kosten voor versterking van de functiemix hoger uitvallen dan het financieel kader in het Convenant Leerkracht van Nederland, mede als gevolg van het bevorderen van meer ervaren leerkrachten. Deze signalen zorgen voor onrust bij sommige scholen bij de invoering van versterking van de functiemix. OCW is over deze signalen in gesprek met de sociale partners om ook voor die scholen tot een succesvolle invoering van de functiemix te komen.